Ambas islas son excelentes, por lo que no es una opción con una respuesta clara o una recomendación definitiva.
Uno de los factores más importantes en su decisión será el clima y la época del año que visite.
Entro en las variaciones de mes a mes a continuación, pero en general el clima en Phuket es mejor desde noviembre hasta enero. El clima es mejor en Koh Samui de mayo a septiembre. El clima es muy bueno en ambos lugares de febrero a abril. El clima es horrible en ambas islas en octubre, cuando una visita a Koh Samet o Hua Hin sería una mejor opción.
Si solo planeas visitar una isla o tener una semana o menos, te recomiendo Koh Samui. Tiene una sensación más tailandesa, maneja mejor las multitudes (ocupado sin sentirse abrumado o increíblemente turístico), y siempre tiene mejor comida.
Si tiene más de 10 días para pasar en el sur de Tailandia y está abierto a la idea de ver otra isla, divida su tiempo entre Koh Samui y Phuket. Hay más de 6 vuelos directos por día entre Phuket y Koh Samui y el vuelo dura aproximadamente 55 minutos. Si reservas con suficiente antelación, las tarifas son muy baratas.